MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018182	GGCT	2	8	88	95	0 %	25 %	50 %	25 %	398356014
2	NC_018182	CG	3	6	144	149	0 %	0 %	50 %	50 %	398356014
3	NC_018182	GAT	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356014
4	NC_018182	CTTA	2	8	216	223	25 %	50 %	0 %	25 %	398356014
5	NC_018182	CCT	2	6	305	310	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356014
6	NC_018182	CA	3	6	416	421	50 %	0 %	0 %	50 %	398356014
7	NC_018182	CAT	2	6	425	430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356014
8	NC_018182	GCG	2	6	541	546	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356014
9	NC_018182	TGGT	2	8	547	554	0 %	50 %	50 %	0 %	398356014
10	NC_018182	CGAG	2	8	559	566	25 %	0 %	50 %	25 %	398356014
11	NC_018182	ACT	2	6	652	657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356014
12	NC_018182	ACG	2	6	687	692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356014
13	NC_018182	GCC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356014
14	NC_018182	GAA	2	6	825	830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356014
15	NC_018182	TCA	2	6	847	852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356014
16	NC_018182	GC	3	6	897	902	0 %	0 %	50 %	50 %	398356014
17	NC_018182	ACG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356014
18	NC_018182	TGAT	2	8	1126	1133	25 %	50 %	25 %	0 %	398356014
19	NC_018182	AGCCC	2	10	1149	1158	20 %	0 %	20 %	60 %	398356014
20	NC_018182	GCT	2	6	1210	1215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356014
21	NC_018182	CGGC	2	8	1384	1391	0 %	0 %	50 %	50 %	398356014
22	NC_018182	GAA	2	6	1458	1463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356014
23	NC_018182	TTC	2	6	2434	2439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356015
24	NC_018182	GAA	2	6	2440	2445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356015
25	NC_018182	ACC	2	6	2452	2457	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356015
26	NC_018182	GTC	2	6	2468	2473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
27	NC_018182	ATC	2	6	2483	2488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356015
28	NC_018182	CGC	3	9	2535	2543	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
29	NC_018182	CAG	2	6	2556	2561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
30	NC_018182	GAA	2	6	2583	2588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356015
31	NC_018182	GAA	2	6	2610	2615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356015
32	NC_018182	CG	3	6	2618	2623	0 %	0 %	50 %	50 %	398356015
33	NC_018182	GCT	2	6	2676	2681	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
34	NC_018182	GGC	2	6	2685	2690	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
35	NC_018182	GCC	2	6	2732	2737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
36	NC_018182	CGG	2	6	2776	2781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
37	NC_018182	CGA	2	6	2808	2813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
38	NC_018182	GAAC	2	8	2880	2887	50 %	0 %	25 %	25 %	398356015
39	NC_018182	CGT	2	6	2970	2975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
40	NC_018182	CT	3	6	3023	3028	0 %	50 %	0 %	50 %	398356015
41	NC_018182	CGG	2	6	3036	3041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
42	NC_018182	CGC	2	6	3044	3049	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
43	NC_018182	CGG	2	6	3074	3079	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
44	NC_018182	CGATGC	2	12	3093	3104	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356015
45	NC_018182	AGG	2	6	3107	3112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356015
46	NC_018182	GC	3	6	3140	3145	0 %	0 %	50 %	50 %	398356015
47	NC_018182	CAA	3	9	3168	3176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356015
48	NC_018182	CTG	3	9	3247	3255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
49	NC_018182	CGA	2	6	3273	3278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
50	NC_018182	GCGG	2	8	3357	3364	0 %	0 %	75 %	25 %	398356015
51	NC_018182	GAG	2	6	3403	3408	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356015
52	NC_018182	GCG	2	6	3431	3436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
53	NC_018182	ACG	2	6	3509	3514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
54	NC_018182	CGG	2	6	3534	3539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
55	NC_018182	TGA	2	6	3548	3553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356015
56	NC_018182	GGT	2	6	3597	3602	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356015
57	NC_018182	CAT	2	6	3849	3854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356015
58	NC_018182	TTC	2	6	3868	3873	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356015
59	NC_018182	CCTC	2	8	3917	3924	0 %	25 %	0 %	75 %	398356015
60	NC_018182	CG	3	6	3948	3953	0 %	0 %	50 %	50 %	398356015
61	NC_018182	GGA	2	6	3960	3965	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356015
62	NC_018182	CGC	2	6	3966	3971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
63	NC_018182	CGC	2	6	3995	4000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
64	NC_018182	GCT	2	6	4013	4018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356016
65	NC_018182	AAGG	2	8	4080	4087	50 %	0 %	50 %	0 %	398356016
66	NC_018182	CGC	3	9	4146	4154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
67	NC_018182	GCTTT	2	10	4207	4216	0 %	60 %	20 %	20 %	398356016
68	NC_018182	CGC	2	6	4259	4264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
69	NC_018182	GCCC	2	8	4309	4316	0 %	0 %	25 %	75 %	398356016
70	NC_018182	GGC	2	6	4320	4325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356016
71	NC_018182	CGC	3	9	4337	4345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
72	NC_018182	CGT	2	6	4428	4433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356016
73	NC_018182	CGA	2	6	4490	4495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356016
74	NC_018182	CG	3	6	4553	4558	0 %	0 %	50 %	50 %	398356016
75	NC_018182	GCG	2	6	4565	4570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356016
76	NC_018182	CGC	2	6	4643	4648	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
77	NC_018182	TCGTC	2	10	4655	4664	0 %	40 %	20 %	40 %	398356016
78	NC_018182	CAC	2	6	4665	4670	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356016
79	NC_018182	CTTC	2	8	4750	4757	0 %	50 %	0 %	50 %	398356016
80	NC_018182	CGC	2	6	4772	4777	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
81	NC_018182	GAT	2	6	4836	4841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356016
82	NC_018182	CA	3	6	5416	5421	50 %	0 %	0 %	50 %	398356017
83	NC_018182	GC	3	6	5642	5647	0 %	0 %	50 %	50 %	398356018
84	NC_018182	CT	3	6	5652	5657	0 %	50 %	0 %	50 %	398356018
85	NC_018182	ATC	2	6	5685	5690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356018
86	NC_018182	GGC	2	6	5714	5719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356018
87	NC_018182	GAT	2	6	5819	5824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356019
88	NC_018182	TTG	2	6	5835	5840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356019
89	NC_018182	CGA	2	6	5950	5955	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356019
90	NC_018182	GCG	2	6	6051	6056	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356019
91	NC_018182	ACCC	2	8	6076	6083	25 %	0 %	0 %	75 %	398356019
92	NC_018182	GCC	2	6	6148	6153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356019
93	NC_018182	CTCG	2	8	6190	6197	0 %	25 %	25 %	50 %	398356019
94	NC_018182	TTG	2	6	6201	6206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356019
95	NC_018182	AAGCG	2	10	6250	6259	40 %	0 %	40 %	20 %	398356019
96	NC_018182	TCA	2	6	6288	6293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356019
97	NC_018182	CGC	3	9	6431	6439	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356019
98	NC_018182	CTG	2	6	6440	6445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356019
99	NC_018182	CGT	2	6	6524	6529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356019
100	NC_018182	CGG	2	6	6560	6565	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356019
101	NC_018182	AGT	2	6	6610	6615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356019
102	NC_018182	ACCA	2	8	6638	6645	50 %	0 %	0 %	50 %	398356019
103	NC_018182	TGCCG	2	10	6650	6659	0 %	20 %	40 %	40 %	398356019
104	NC_018182	CGG	2	6	6722	6727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356020
105	NC_018182	TGA	2	6	6736	6741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356020
106	NC_018182	CCAT	3	12	6897	6908	25 %	25 %	0 %	50 %	398356020
107	NC_018182	GAC	2	6	6922	6927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356021
108	NC_018182	TTCA	2	8	6958	6965	25 %	50 %	0 %	25 %	398356021
109	NC_018182	CGC	4	12	7019	7030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356021
110	NC_018182	CGA	2	6	7128	7133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356021
111	NC_018182	GGC	2	6	7137	7142	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356021
112	NC_018182	GCATTC	2	12	7184	7195	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356021
113	NC_018182	GAT	2	6	7213	7218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356021
114	NC_018182	CACG	2	8	7234	7241	25 %	0 %	25 %	50 %	398356021
115	NC_018182	GC	3	6	7259	7264	0 %	0 %	50 %	50 %	398356021
116	NC_018182	GCG	2	6	7267	7272	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356021
117	NC_018182	GGC	2	6	7275	7280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356021
118	NC_018182	GCC	3	9	7284	7292	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356021
119	NC_018182	AAT	2	6	7297	7302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356021
120	NC_018182	TAT	2	6	7424	7429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356022
121	NC_018182	TCACAA	2	12	7505	7516	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	398356022
122	NC_018182	TGGC	2	8	7574	7581	0 %	25 %	50 %	25 %	398356022
123	NC_018182	AGC	2	6	7590	7595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356022
124	NC_018182	GCC	2	6	7618	7623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356022
125	NC_018182	CGG	2	6	7665	7670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
126	NC_018182	GGC	2	6	7703	7708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
127	NC_018182	CAC	2	6	7768	7773	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356022
128	NC_018182	GGC	2	6	7844	7849	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
129	NC_018182	TTC	2	6	7901	7906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356022
130	NC_018182	AAG	2	6	8045	8050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356022
131	NC_018182	A	6	6	8058	8063	100 %	0 %	0 %	0 %	398356022
132	NC_018182	TCT	2	6	8118	8123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356022
133	NC_018182	TCA	2	6	8283	8288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356022
134	NC_018182	AGC	2	6	8304	8309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356022
135	NC_018182	AGC	2	6	8355	8360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356022
136	NC_018182	GCAA	2	8	8370	8377	50 %	0 %	25 %	25 %	398356022
137	NC_018182	GTTCG	2	10	8434	8443	0 %	40 %	40 %	20 %	398356022
138	NC_018182	ACGA	2	8	8552	8559	50 %	0 %	25 %	25 %	398356022
139	NC_018182	CGGC	2	8	8565	8572	0 %	0 %	50 %	50 %	398356022
140	NC_018182	CAT	2	6	8593	8598	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356022
141	NC_018182	GGCCCA	2	12	8626	8637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	398356022
142	NC_018182	GC	3	6	8703	8708	0 %	0 %	50 %	50 %	398356022
143	NC_018182	GC	3	6	8712	8717	0 %	0 %	50 %	50 %	398356022
144	NC_018182	TCG	2	6	8718	8723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356022
145	NC_018182	CGCT	2	8	8734	8741	0 %	25 %	25 %	50 %	398356022
146	NC_018182	GCCG	2	8	8767	8774	0 %	0 %	50 %	50 %	398356022
147	NC_018182	CGC	2	6	8865	8870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356022
148	NC_018182	CGGC	2	8	8919	8926	0 %	0 %	50 %	50 %	398356022
149	NC_018182	CCCGG	2	10	9071	9080	0 %	0 %	40 %	60 %	398356022
150	NC_018182	GGC	2	6	9115	9120	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
151	NC_018182	GCG	2	6	9199	9204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
152	NC_018182	TGA	2	6	9225	9230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
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154	NC_018182	AAAGGC	2	12	9346	9357	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	398356023
155	NC_018182	ACG	2	6	9384	9389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356023
156	NC_018182	CTG	2	6	9417	9422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
157	NC_018182	CCG	2	6	9432	9437	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
158	NC_018182	CGC	2	6	9451	9456	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
159	NC_018182	CGG	2	6	9457	9462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
160	NC_018182	CCCG	2	8	9552	9559	0 %	0 %	25 %	75 %	398356023
161	NC_018182	CTG	2	6	9590	9595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
162	NC_018182	GGCG	3	12	9610	9621	0 %	0 %	75 %	25 %	398356023
163	NC_018182	ATG	2	6	9737	9742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
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165	NC_018182	GCG	2	6	9783	9788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
166	NC_018182	ACA	2	6	9795	9800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356023
167	NC_018182	TGA	2	6	9801	9806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
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169	NC_018182	GCC	2	6	9971	9976	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
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171	NC_018182	ATCA	2	8	10071	10078	50 %	25 %	0 %	25 %	398356023
172	NC_018182	CGT	2	6	10122	10127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
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174	NC_018182	TGG	2	6	10162	10167	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356023
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176	NC_018182	TGA	2	6	10209	10214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
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212	NC_018182	GC	3	6	11958	11963	0 %	0 %	50 %	50 %	398356024
213	NC_018182	T	6	6	11981	11986	0 %	100 %	0 %	0 %	398356024
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218	NC_018182	CGG	2	6	12149	12154	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356024
219	NC_018182	GCC	2	6	12174	12179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356024
220	NC_018182	GC	3	6	12242	12247	0 %	0 %	50 %	50 %	398356024
221	NC_018182	GCA	2	6	12249	12254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356024
222	NC_018182	CAA	2	6	12283	12288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356024
223	NC_018182	CGA	2	6	12305	12310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356024

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.